厦门大学马来西亚分校拥有一所研究生院，计划每年录取1000名研究生。

该校设有七个学院，分别是能源与化学工程学院、信息科学与技术学院、海洋与环境学院、汉语言文学学院、软件学院、经济与管理学院以及医学院。这些学院依托厦门大学的优势学科，在文科、商科、医科、理科及工科领域提供了22个本科专业、5个硕士学位点以及3个博士学位点。

1 厦门大学

2 福州大学

3 福建师范大学

4 福建农林大学

5 华侨大学

6 福建医科大学

7 集美大学

8 福建中医药大学

9 闽南师范大学

10 厦门理工学院