没有差别，只要你获得了自考本科毕业证书，在报考研究生时就会被视为具有“国家承认的本科学历”，而不是以同等学力的身份报考。这与全日制本科毕业生是一样的，没有任何区别。不过，极少数学校在复试阶段可能会要求自考本科生额外参加一两门课程考试。

自考本科毕业生考研确实比较困难，因为他们往往缺乏目标院校的相关资料，并且没有老师的指导，因此考研成功的几率较低，这也是为什么自考本科毕业生考研较为艰难的原因。